Las investigaciones que adelanta el MAJCC, las realiza por intermedio del Grupo de Investigación en Arqueología  y Diversidad Sociocultural Prehispánica- ARQUEODIVERSIDAD- del Departamento de Artes Visuales y Estética de la Facultad de Artes Integradas. Los programas de investigación más relevantes, realizados desde el año 2000, son los siguientes: 

1. Diversidad Sociocultural Prehispánica en el Norte de Sur América (Desde el año 2000)

2. Estéticas Prehispánicas (Desde el año 2005)

3. Prospecciones Geoarqueológicas en el Valle del Cauca (2000-2016) 

Para llevar a cabo su investigación, el MAJCC cuenta con un laboratorio de Arqueología que tiene  una colección de cerámica y otra de huesos humanos.