Los procesos de investigación que adelanta el MAJCC, los realiza por intermedio del Grupo de Investigación en Arqueología  y Diversidad Sociocultural Prehispánica- ARQUEODIVERSIDAD- adscrito al Departamento de Artes Visuales y Estética de la Facultad de Artes Integradas. Los programas de investigación más relevantes, realizados desde el año 2000, son los siguientes: 

Diversidad Sociocultural Prehispánica en el Norte de Sur América (Desde el año 2000)

Estéticas Prehispánicas (Desde el año 2005)

Prospecciones Geoarqueológicas en el Valle del Cauca (2000-2016)

Para desarrollar estos programas, el MAJCC cuenta con un laboratorio de Arqueología y unas fuentes documentales conformadas por una ceramoteca y una osteoteca.

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